Seente puhaskultuuridel on tähtis roll mikrobioloogilistes uuringutes. Kultuurides on seened elusad ja nendega on võimalik teha katseid, mida kuivatatud seente viljakehadega ei saa. Puhaskultuurina säilitatavad haruldased liigid pakuvad lisavõimalust nende organismide säilitamisel.
Puhaskultuuride abil on võimalik uurida liigisisest ja ka liikidevahelist varieeruvust, uurida seentes leiduvaid bioaktiivseid ühendeid ja neid toota suuremas mahus, teha erinevaid katseid seente eluviisi uurimiseks (näiteks puidu lagundamise kiirus, patogeensete organismide tõrje).