Soontaimede herbaarium koosneb Eesti taimede herbaariumist, välisherbaariumist, Baeri herbaariumist, seemnekogust ja õppekollektsioonist. Eraldi väikese koguna säilitatakse dendroloogilist kollektsiooni. Herbaariumi juurde kuulub ka mitmesuguseid muid materjale: kartoteeke (näiteks leiukohtade paberkartoteek, kaitsealuste taimeliikide kartoteek), välipäevikuid, fotosid ja fotonegatiive, süstematiseeritud taimepiltidega postkaardi kollektsioon (Heljo Kralli koostatud) jms.
EESTI HERBAARIUMIS on rohkem kui 163 000 herbaarlehte. Suur osa materjalist on kogutud Eesti floora uurimise käigus 20. sajandi teisel poolel. Peamised herbariseerijad olid tolle aja Eesti tuntuimad botaanikud: Maret Kask, Linda Viljasoo, Vilma Kuusk, Heljo Krall, Livia-Maria Laasimer, Visolde Puusepp, Haide-Ene Rebassoo, Silvia Talts, Ella Tammemägi jt. Selle perioodi botaaniliste uurimiste tulemusena valmis 11-köiteline teos „Eesti NSV floora“.
Aastal 2020 ilmus “Eesti taimede levikuatlas 2020”, mille koostamise käigus kogutud rohkest tõendmaterjalist suurem osa ehk üle 23 000 herbaarleksemplari on hoiul EMÜ herbaariumis.
Eestist kogutud soontaimede herbaarium on digiteeritud 95% ulatuses, mis tähendab, et eksemplaride kirjed sisaldavad nii kogumise andmeid kui ka fotot eksemplarist. Ajaloolisem osa kogust pärineb 19. sajandi lõpust ja 20. sajandi algusest. Siin leidub vähemal või rohkemal määral herbaarlehti paljudelt tollastelt botaanikutelt ja taimekogujatelt, näiteks Alexander Georg von Bunge, Paul Lackschewitz, Theodor Lackschewitz, Johannes Klinge, Carl Maximowitsch, Karl Reinhold Kupffer, Rudolf Lehbert, Alexander von Schrenk, Julius Killoman, Hugo Kapp, Gustav Vilbaste jt.
Ajaloolise osa juurde kuulub ka 1700 herbaarlehest koosnev Alexander Georg von Bunge eksikaatkogu „ Flora exsiccata Liv-. Esth- und Kurlands“ (koostatud aastatel 1849-1853). See on esimene ulatuslik botaaniline tõendusmaterjal siinsest piirkonnast ning eksikaatkogu peetakse Eestimaa teadusliku botaanilise uurimise alguseks.
Kollektsioon sisaldab mitmeid väiksemaid erakogusid:
- Jakob Esseri kogu (780 herbaarlehte)
- Priidu Kohava kogu (600 eksemplari)
- August Muuga kogu (300 herbaarlehte)
- Tiiu Trei veetaimede kogu (600 herbaarlehte)
- Taavi Tuuliku Hiiumaa taimede kogu (1500 herbaarlehte)
- Gustav Vilbaste kogu (9800 herbaarlehte)
- Ellen Vilbaste kogu (800 herbaarlehte)
- Malle Lehe liblikõieliste kogu (900 herbaarlehte). See kogu koosneb suuremas osas liikidest, mis Eestis looduslikult ei kasva. Kokku 106 liiki, suurem osa perekondade Lathyrus ja Vicia liigid.
VÄLISHERBAARIUMI materjal (ligi 21 000) pärineb põhiliselt Venemaa Arktikast ja Siberist, Venemaa Euroopa osast, Kesk-Aasiast, Kaug-Idast, Kaukaasiast, samuti Põhja-Ameerikast, Kesk- ja Lõuna-Euroopast, Skandinaaviamaadest, Lätist ja Leedust. Välisherbaarium on korraldatud sarnaselt Eesti herbaariumile süstemaatiliselt; siin pole geograafilisi piirkondi eristatud.
KARL ERNST VON BAERI HERBAARIUM, mis pärineb 19. sajandist, sisaldab ligi 12 000 herbaarlehte ning seda säilitatakse eraldiseisva koguna. Materjal pärineb Lääne Euroopast, Siberist, Kaukaasiast ja Kaspia ümbruse aladelt, samuti Aasiast ja Aafrikast, suure osa moodustab ka Eestist korjatud materjal. Herbaarium on avalikult kättesaadav PlutoF andmebaasis ja eElurikkuse portaalis:https://elurikkus.ee/projects/karl-ernst-von-baer.
