Soontaimede kogu sisaldab seemnete kollektsiooni ligi 700 taksonist. Seemned säilitatakse klaasist anumates või plastikkottides toatemperatuuril.
Seemne kollektsioon pole digiteeritud ja on kättesaadav ainult koha peal.
Eraldi säilitatakse Eesti looduslike orhideede seemneid, mis paiknevad külmikus – 80 kraadi juures.
