Soontaimede herbaarium koosneb Eesti taimede herbaariumist, välisherbaariumist, Baeri herbaariumist, seemnekogust ja õppekollektsioonist. Eraldi väikese koguna säilitatakse dendroloogilist kollektsiooni. Herbaariumi juurde kuulub ka mitmesuguseid muid materjale: kartoteeke (näiteks leiukohtade paberkartoteek, kaitsealuste taimeliikide kartoteek), välipäevikuid, fotosid ja fotonegatiive, süstematiseeritud taimepiltidega postkaardi kollektsioon (Heljo Kralli koostatud) jms.
EESTI HERBAARIUMIS on rohkem kui 163 000 herbaarlehte. Suur osa materjalist on kogutud Eesti floora uurimise käigus 20. sajandi teisel poolel. Peamised herbariseerijad olid tolle aja Eesti tuntuimad botaanikud: Maret Kask, Linda Viljasoo, Vilma Kuusk, Heljo Krall, Livia-Maria Laasimer, Visolde Puusepp, Haide-Ene Rebassoo, Silvia Talts, Ella Tammemägi jt. Selle perioodi botaaniliste uurimiste tulemusena valmis 11-köiteline teos „Eesti NSV floora“.
Aastal 2020 ilmus “Eesti taimede levikuatlas 2020”, mille koostamise käigus kogutud rohkest tõendmaterjalist suurem osa ehk üle 23 000 herbaarleksemplari on hoiul EMÜ herbaariumis.
Eestist kogutud soontaimede herbaarium on digiteeritud 95% ulatuses, mis tähendab, et eksemplaride kirjed sisaldavad nii kogumise andmeid kui ka fotot eksemplarist. Ajaloolisem osa kogust pärineb 19. sajandi lõpust ja 20. sajandi algusest. Siin leidub vähemal või rohkemal määral herbaarlehti paljudelt tollastelt botaanikutelt ja taimekogujatelt, näiteks Alexander Georg von Bunge, Paul Lackschewitz, Theodor Lackschewitz, Johannes Klinge, Carl Maximowitsch, Karl Reinhold Kupffer, Rudolf Lehbert, Alexander von Schrenk, Julius Killoman, Hugo Kapp, Gustav Vilbaste jt.
Ajaloolise osa juurde kuulub ka 1700 herbaarlehest koosnev Alexander Georg von Bunge eksikaatkogu „ Flora exsiccata Liv-. Esth- und Kurlands“ (koostatud aastatel 1849-1853). See on esimene ulatuslik botaaniline tõendusmaterjal siinsest piirkonnast ning eksikaatkogu peetakse Eestimaa teadusliku botaanilise uurimise alguseks.
Kollektsioon sisaldab mitmeid väiksemaid erakogusid:
- Jakob Esseri kogu (780 herbaarlehte)
- Priidu Kohava kogu (600 eksemplari)
- August Muuga kogu (300 herbaarlehte)
- Tiiu Trei veetaimede kogu (600 herbaarlehte)
- Taavi Tuuliku Hiiumaa taimede kogu (1500 herbaarlehte)
- Gustav Vilbaste kogu (9800 herbaarlehte)
- Ellen Vilbaste kogu (800 herbaarlehte)
- Malle Lehe liblikõieliste kogu (900 herbaarlehte). See kogu koosneb suuremas osas liikidest, mis Eestis looduslikult ei kasva. Kokku 106 liiki, suurem osa perekondade Lathyrus ja Vicia liigid.
VÄLISHERBAARIUMI materjal (ligi 21 000) pärineb põhiliselt Venemaa Arktikast ja Siberist, Venemaa Euroopa osast, Kesk-Aasiast, Kaug-Idast, Kaukaasiast, samuti Põhja-Ameerikast, Kesk- ja Lõuna-Euroopast, Skandinaaviamaadest, Lätist ja Leedust. Välisherbaarium on korraldatud sarnaselt Eesti herbaariumile süstemaatiliselt; siin pole geograafilisi piirkondi eristatud.
KARL ERNST VON BAERI HERBAARIUM, mis pärineb 19. sajandist, sisaldab ligi 12 000 herbaarlehte ning seda säilitatakse eraldiseisva koguna. Materjal pärineb Lääne Euroopast, Siberist, Kaukaasiast ja Kaspia ümbruse aladelt, samuti Aasiast ja Aafrikast, suure osa moodustab ka Eestist korjatud materjal. Herbaarium on avalikult kättesaadav PlutoF andmebaasis ja eElurikkuse portaalis:https://elurikkus.ee/projects/karl-ernst-von-baer.
Sammaltaimede kogu koosneb Eesti herbaariumist ja välisherbaariumist ning selles on ca 37 000 samblaproovi. Herbaariumis on esindatud 1386 samblaliiki ning 30 varieteeti või alamliiki. Eestist pärit materjali on 590 liiki ja alam taksonit.
EESTI HERBAARIUM moodustab suurema osa kogust ning pärineb peamiselt ajavahemikust 1945. aastast praeguseni.
Ajalooline osa kogust pärineb 19. sajandist ja 20. sajandi algusest. Kokku ligikaudu 7700 eksemplari.
- Edmund Russowi turbasammalde kogu (4237 eksemplari)
- J.Micutowiczi turbasammalde kogu (226 eksemplari)
- Eesti Looduseuurijate Seltsi samblaherbaarium (244 liiki), kogunud Andreas Bruttan.
- Eugen Niclaseni herbaarium (490 liiki)
- Karl Girgensohni herbaarium (2506 eksemplari)
VÄLISHERBAARIUMIS on arvele on võetud ligi 2300 samblaproovi. Omaette piirkondadena on eristatud: Baltikum, Euroopa, Skandinaavia, Venemaa, Kaukaasia, Aasia, Siber, Kaug-Ida, Aafrika, Austraalia, Lõuna-Ameerika, Põhja-Ameerika ja Arktika.
Austraalia kogu on suur ja koosneb Heinar Streimanni kogutud proovidest Austraalia erinevatest piirkondadest, Uus-Meremaalt, Tasmaanialt, Paapuast ja Norfolkilt. Lõuna-Ameerika kogu koosneb põhiliselt Schäfer-Verwimpi Brasiiliast kogutud sammaldest. Lisaks on samblaproove Panamast (Nele Ingerpuu) ja Peruust (Leiti Kannukene). Arktika proovidest suur osa on saadud Eesti Loodusmuuseumist duplumitena (Taimõr) ja osa Venemaalt saadetud eksikaatkogudest erinevate Arktika piirkondade kohta.
EKSIKAATKOGUD
Eksikaatkogudes on kokku 1325 samblaproovi.
- Flora Exsiccata Liv-, Est- und Curlands. Herb. Hugo Kapp, 19. saj. (165 eks.)
- Musci Frondosi Exsiccati (Euroopa) Karl Friedrich Bernhard Fiedler 1842–1848 (50 eks.)
- Musci Frondosi Exsiccati (Euroopa) Karl Friedrich Bernhard Fiider 1847–1848 (385 eks.)
- Bryotheca Polonica, Nr.201–250, Antoni Józef Żmuda Krakow, 1930 (50 eks.)
- Hepaticae et Musci URSS Exiccati, Nr. 1–50, Leningrad,1957, Nr.51–190, Leningrad, 1961–1962 (254 eks.)
- Bryophyta Murmanica Exsiccata Fasc I, Nr. 1–50, Fasc. III Nr. 101–150 Kirovsk, 1989; Fasc. III Nr. 101–150 Kirovsk 1998. (98 eks.)
- Bryophyta Rossica et Civitatum Collimitanearum Exsiccata Fasc. I–IV, Nr. 1–100, St.-Petersburg, 1995 (100 eks.)
- Bryophyta Karelica Exsiccata Nr. 1–50 (51 eks.)
- Musci Ausralasiae Exsiccati, Canberra, 1992–1997 (105 eks.)
- Bryotheca Europaea – Die Laubmoose Europa’s, L.Rabenhorst, 1861 Fasc.IX. Nr.401 – 450 Dresden, Druck von G.(?) Heinrich (63 eks.)
Soontaimede kogu sisaldab seemnete kollektsiooni ligi 700 taksonist. Seemned säilitatakse klaasist anumates või plastikkottides toatemperatuuril.
Seemne kollektsioon pole digiteeritud ja on kättesaadav ainult koha peal.
Eraldi säilitatakse Eesti looduslike orhideede seemneid, mis paiknevad külmikus – 80 kraadi juures.
