Eesti Maaülikooli haldusalas on kümmekond loodusteaduslikku kollektsiooni umbes 1.3 miljoni säilikuga.
Nende hulgas on klassikalised loodusteaduslikud kollektsioonid (botaanilised, mükolooglised, zooloogilised, hüdrobioloogilised) mis on tekkinud vastava valdkonna süstemaatilise teadustöö tulemusena  ja õppekogud mis on tekkinud põllumajandusliku, veterinaarse ja metsandusliku õppetöö käigus (zoomeedikum, mullamuuseum). 
  Eesti teadusasutuste  reformimise käigus jõudsid EMÜ haldusalasse:

• loodusteaduslikud kollektsioonid endisest  Teaduste Akadeemia Zooloogia ja Botaanika Instituudist, mille baasil on ilmunud hulk monograafilisi uurimusi nii Eesti kui ka naaberalade fauna ja floora kohta.
• aiandusliku sordiaretusega seotud eluskollektsioonid Pollis.

  Kogudes tehtava õppe- ja teadustöö suhe on erinev, ka puudub nende vahel terav piir ning kraadiõppega on seotud kõik.
  Klassikalisteks muuseum -vaatekogudeks on Võrtsjärve Limnoloogiakeskuses asuv Järvemuuseum ja mingil määral ka  Zoomeedikum.
  Kuna 1990ndatel aastatel olid klassikaline taksonoomia ja faunistika ebasoosingus nii Eestis kui ka mujal siis oli loodusteaduslike kollektsioonide rahastamine kohati tõsine probleem. Mõningat  leevendust tõi Eesti teaduskogudele 1990ndatel nn. Sorose fondi toetused kuid põhiliselt toimus kogude hooldus sihtfinantseeritavate teadusteemade ja ETF grantide summadelt võetava üldkululõivu arvel. See omakorda tõi paratamatult kaasa pingeid kuna kogude seosed konkreetsete uurimispriojektidega on reeglina raskesti mõõdetavad.
  Põllumajanduslike kollektsioonide – aretustegevuse baasi - käekäik oli parem, milles oli oma osa nende kuulumisel teise ministeeriumi - põllumajandusministeeriumi haldusalasse.
  Sammhaaval toimus siiski klassikalise taksonoomia rehabiliteerimine. Riiklikul tasemel jõuti pärast pikka eeltööd reaalse lahenduseni 2004. aastal, mil käivitus riiklik programm “Humanitaar- ja loodusteaduslikud kogud” (2004-2008).
  Programm seadis kogude haldajate ette kaks peamist ülesannet:

• kogude normaalne säilimine ja kaasaegsete hoiutingimuste tagamine
• kogude efektiivne rakendamine teadusuuringutes, virtuaalsete rahvuskollektsioonide loomine ning nende seostamine rahvusvaheliste andmevõrgustikega.

  Nende tegevuste finantseerimiseks kasutati 2004 - 5,7; 2005-2008 á 13,0 milj. kr. Jaotatuna poolesaja erineva kollektsiooni vahel tähendas programm eelkõige teatavat lisafinantseeringut kogude hooldusse aga mitte täiendamisse. Programmist saadud  toetused  EMÜ kogudele: 2004.a.- 610 000EEK (toetust sai 8 kogu), 2005.a. - 1 417 000EEK (8), 2006.a. - 1 387 000EEK (9), 2007.a. - 1 245 000EEK (8), 2008.a. - 1 665 000EEK (11).
  Alates 2009. aastast  muutusid  kollektsioonide  rahastamise põhimõtted - seniste üksikkollektsioonide asemel finantseeritakse  botaanilisi, mükoloogilisi ja zooloogilisi ühendkollektsioone. Eraldused riiklikust programmist  EMÜ kogudele:  2009.a.- 2 107 500EEK (134 694€), 2010.a. - 1 962 500EEK (125 427€),  2011.a. - 123 930€, 2012.a. - 124 270€.
  Peamiseks teguriks - mis määrab konkreetse kollektsiooni käekäigu - on ikkagi kogu vahetu haldaja suhtumine.
   EMÜ nõukogu võttis 29. juunil 2005 vastu määruse, milles ühe punktina on kirjas: töötada välja loodus- ja põllumajandusteaduslike kogude arendamise kava. Selle tulemusena loodi interdistsiplinaarne üksus “Loodusteaduslikud kogud” mille põhimääruse kinnitas ülikooli nõukogu 29. novembril 2007 ja mis alustas tegevust 2008. aastal. Üksuse tegevuse eesmärgiks on tagada ülikooli kõigi loodusteaduslike kogude säilitamine, korrastamine, täiendamine ja kogude andmebaaside loomine ning nende kättesaadavaks tegemine uurijatele. Üksuse tegevust rahastatakse EMÜ omavahenditest ja riiklikest ning rahvusvahelistest programmidest.
  Kogude arendamise kava kinnitas ülikooli nõukogu 26. mail.
28/03/2012