Tänase Eesti Maaülikooli haldusalas olevate suuremate loodusteaduslike kollektsioonide tekkelugu on erinev. Esimese rühma moodustavad õppekogud, mis on tekkinud seoses põllumajandusliku, veterinaarse ja metsandusliku hariduse andmisega. Teise rühma moodustavad kollektsioonid, mis jõudsid EMÜ haldusalasse Eesti teadusasutuste reformimise käigus:

• loodusteaduslikud kollektsioonid endisest Eesti Teaduste Akadeemia Zooloogia ja Botaanika Instituudist, mille baasil on ilmunud hulk monograafilisi uurimusi nii Eesti kui ka naaberalade fauna ja floora kohta.
• aiandusliku sordiaretusega seotud eluskollektsioonid Pollis.

  Kogudes tehtava õppe- ja teadustöö suhe on erinev, ka puudub nende vahel terav piir ning kraadiõppega on seotud kõik. Bakalauruseõppega on enim seotud mullamuuseum, mille baasil loetakse mitmeid kursusi (Eesti mullastik, peatükid mullateaduse põhi- ja üldkursustest) ning Zoomeedikum, mis osaleb loomaarstide koolitamises.
  Klassikalisteks muuseumi -vaatekogudeks on Võrtsjärve Limnoloogiakeskuses asuv Järvemuuseum ja Zoomeedikum. Eksponeerimist väärivat materjali  on ka teistes kogudes. Kuna 1990ndatel aastatel olid klassikaline taksonoomia ja faunistika teatavas ebasoosingus nii Eestis kui ka mujal siis oli loodusteaduslike kollektsioonide rahastamine kohati suureks probleemiks. Mõningat  leevendust tõi Eesti teaduskogudele 1990ndatel nn. Sorose fondi toetused kuid põhiliselt toimus kogude hooldus sihtfinantseeritavate teadusteemade ja ETF grantide summadelt võetava üldkululõivu arvel. See omakorda tõi paratamatult kaasa pingeid kuna kogude seosed konkreetsete uurimispriojektidega on reeglina raskesti mõõdetavad.
  Põllumajanduslike kollektsioonide – aretustegevuse baasi - käekäik oli parem, milles oli oma osa nende kuulumisel teise ministeeriumi - põllumajandusministeeriumi haldusalasse.
  Sammhaaval toimus siiski klassikalise taksonoomia rehabiliteerimine, üheks põhjuseks ilmselt bioloogilise mitmekesisuse / elurikkuse mõistete jõudmine poliitikute sõnavarasse. Riiklikul tasemel jõuti pärast pikka eeltööd reaalse lahenduseni 2004. aastal, mil käivitus riiklik programm “Humanitaar- ja loodusteaduslikud kogud” (2004-2008).
  Programm seadis kogude haldajate ette kaks peamist ülesannet:

• kogude normaalne säilimine ja kaasaegsete hoiutingimuste tagamine
• kogude efektiivne rakendamine teadusuuringutes, virtuaalsete rahvuskollektsioonide loomine ning nende seostamine rahvusvaheliste andmevõrgustikega.

  Nende tegevuste finantseerimiseks kasutati 2004 - 5,7; 2005-2008 á 13,0 milj. kr. Jaotatuna poolesaja erineva kollektsiooni vahel tähendas programm eelkõige teatavat lisafinantseeringut kogude hooldusse aga mitte täiendamisse
  Alates 2009. aastast on kollektsioonide  rahastamise põhimõtteid pisut muudetud- seniste üksikkollektsioonide asemel finantseeritakse EMÜ botaanilisi, mükoloogilisis ja zooloogilisi ühendkollektsioone. Igaastased eraldused riiklikust programmist  2009 - 2010 olid ca 1,9 milj.kr.
Peamiseks teguriks - mis määrab konkreetse kollektsiooni käekäigu - on ikkagi kogu vahetu haldaja suhtumine.
EMÜ nõukogu võttis 29. juunil 2005 vastu määruse, milles ühe punktina on kirjas: töötada välja loodus- ja põllumajandusteaduslike kogude arendamise kava. Selle tulemusena loodi interdistsiplinaarne üksus “Loodusteaduslikud kogud” mille põhimääruse kinnitas ülikooli nõukogu 29. novembril 2007 ja mis alustas tegevust 2008. aastal. Üksuse tegevuse eesmärgiks on tagada ülikooli kõigi loodusteaduslike kogude säilitamine, korrastamine, täiendamine ja kogude andmebaaside loomine ning nende kättesaadavaks tegemine uurijatele.
  Kogude arendamise kava kinnitas ülikooli nõukogu 26. mail.
20/01/2012